从原料上来说：

“微生物肥料”，俗称菌肥，含有有益微生物群落的肥料，属于一种活体肥料，俗称有生命的肥料，它是通过在土壤中提取特定功能的微生物，经过定向培育繁殖而成。

“有机肥”，俗称农家肥，主要来源是动植物粪便或残体，为作物提供包括多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。

有机肥必须经过腐熟发酵之后，才能供作物吸收利用，在这个过程中，需要微生物这个发动机的参与，通过微生物来转化。

作用机理：

微生物肥料通过有益微生物的生命活动代谢来为作物提供养分。也就是说，它本身没有营养物质，主要靠分解土壤中的其他物质，把这些物质转化为作物可以直接吸收利用的离子状态。另外在生长繁殖过程中，产生的次生代谢产品譬如生长素、氨基酸、赤霉素等物质，调节作物的生长发育。

微生物肥料有四大主要作用，其中有①增加土壤肥力、②防治有害微生物、③促进植物增长、④提高作物品质。

有机肥它的营养比较全，肥效持久稳定。有机肥具有激活土壤酶的活性，同时也可以促进根系发育。有机肥还可以为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质。

价格：

有机肥原材料成本低，生产技术要求不高，价格便宜。而生物肥则恰恰相反，价格高昂。

最后简单的总结下，从营养含量上看，普通的微生物肥料不含有营养元素，有机肥含有低量的营养元素。从肥效上看，微生物肥料见效时间长，但作用久，只要微生物活着就有效果，微生物活性越强肥效越高，有机肥见效相对较慢但作用时间长，养分利用率高，两者最好配合使用效果最佳。